配列比較ソフトウェアMTerm
「MTerm」は空間符号化技術とモアレ現象を利用し,二つのゲノム配列間の関係をモアレ縞により視覚化するソフトウェアであり,その原理は空間符号モアレマッチング技術(SCMM;Spatially Coded Moire Matching Technique)に基づきます.
「MTerm」では,2配列の符号化画像の作成及び重ね合わせを1画面上に表示させることにより,既存のPCを簡易モアレ情報端末として利用することができます.
「MTerm」は,配列一致部位,ギャップ,一塩基置換などを出現するモアレ縞の位置やずれなどで抽出することができます.また,塩基配列のみらなず,アミノ酸配列にも適用できます.
図に,MTermによる配列比較結果の例を示します.

図:MTermによる配列比較結果の例(濃度反転符号適用)


MTermでは,画面上のモアレ縞を操作したり,様々な符号化ルールを適用させることで以下の機能を実現します.

○出力モアレ縞操作による機能
  • 交差角の大きさを変化させることで,感度及び検査範囲を調整することができます.
  • 符号化画像を縦または横方向にシフトさせることで表示する比較部位を変えることができます.
  • 注目領域の部分配列の詳細を調べるために.指定領域の配列要素を表示することができます.

○符号化法操作による
  • 反転符号:1要素置換の視認性を向上することができます.
  • 多段符号:比較配列長を拡長させることができます(最大5120bp).
  • カラー符号:3配列を比較することができます.
  • アミノ酸符号:アミノ残基の特徴量と符号化ルールを対応させることで配列間の類縁性を含めた比較結果を提示できます.また,ユーザーが符号化ルールを定義することもできます.

○1画面上において
  • 表示できる配列長:256 (XGAディスプレイ利用時)(多段符号利用により,5120まで拡張可能
  • 検出できる欠失,挿入数:100交差角30°)
  • マッチング点数:25,600(交差角30°)
○動作OS:Windows XP / 2000 / 98


現在β版を作成し,改良を進めています.利用を希望される場合は,下記まで連絡をお願いいたします.


mail to:ogura[at]ist.osaka-u.ac.jp